ในปี 1864 ช่วงปลายยุคเอโดะของญี่ปุ่น ชิซึรุ ยูกิมูระ หญิงสาวผู้กล้าหาญปลอมตัวเป็นชายเพื่อออกตามหาพ่อที่หายตัวไป — ดร.โคโด ยูกิมูระ แพทย์ผู้มีความรู้ลึกลับเกี่ยวกับวิทยาศาสตร์และยาแปลกประหลาด

ระหว่างการเดินทางสู่เกียวโต เธอกลับพบเหตุการณ์สุดสะเทือนขวัญ — โรนินผู้หิวโหายถูกฆ่าโดยกลุ่มชายผมขาวจิตคลั่ง และในวินาทีนั้นเอง กลุ่มชินเซ็นกุมิ ก็ปรากฏตัวขึ้นพร้อมสังหารปีศาจเหล่านั้น ก่อนจะจับตัวชิซึรุไปยังฐานบัญชาการของพวกเขา

แม้จะถูกตั้งข้อสงสัยในตอนแรก แต่เมื่อเธอเอ่ยชื่อของพ่อ — สมาชิกของชินเซ็นกุมิก็เผยว่าพวกเขากำลังตามหาเขาอยู่เช่นกัน จึงตัดสินใจปกป้องชิซึรุในฐานะกุญแจสำคัญของเหตุการณ์ทั้งหมด

ทว่าเมื่อความจริงเกี่ยวกับงานวิจัยของพ่อเธอค่อย ๆ เปิดเผย ชิซึรุกลับพบว่าตนเองตกอยู่ท่ามกลาง สงครามการเมือง, การต่อสู้ระหว่างมนุษย์กับสิ่งมีชีวิตเหนือธรรมชาติ, และ ความลับดำมืดที่หล่อหลอมโชคชะตาของเหล่าซามูไรผู้กล้าหาญแห่งชินเซ็นกุมิ

และระหว่างความโกลาหลนั้น หัวใจของเธอก็ค่อย ๆ ถูกโยงเข้าหาเหล่านักรบที่ยึดมั่นในศักดิ์ศรี…แม้ต้องแลกด้วยเลือด