ครึ่งปีที่แล้ว บนเกาะแซทเทิลไลท์ ซึ่งเป็นที่อยู่อาศัยของชุมชนปกสีน้ำเงิน ฟูโดะ ยูเซอิ คนนอกจากเมืองนิโดโดมิโน (เมืองหลวงของประเทศ) ได้ครอบครองสมบัติล้ำค่าของเขา มังกรละอองดาวและปีศาจ ซึ่งถูกพรากไปอย่างไม่ยุติธรรม เขาโดย Jack Atlas ผลก็คือยูเซย์หนีไปหานีโอ
Yusei จากเมือง Domino ตั้งใจที่จะชุบชีวิต Stardust Dragon ในตำนานซึ่งเขาทิ้งไว้ข้างหลังหลังจากหลบหนีไปยัง Neo ความสำเร็จในการดวลกับแจ็คทำให้เขาค้นพบข้อมูลเกี่ยวกับมังกรแดงที่เข้าใจยาก นอกจากนี้ยังแนะนำแนวคิดของผู้ลงนามซึ่งคัดเลือกมาเป็นพิเศษโดยมังกรแดงห้าตัวด้วย
ผู้ลงนามแต่ละคนมีมังกรประจำตัว ซึ่งมีสัญลักษณ์มังกรอยู่บนแขนขวา ซึ่งเรียกรวมกันว่ามังกรทั้ง 5 หรือเรียกโดยย่อว่า 5D's มังกรทั้งห้าที่เป็นปัญหา ได้แก่ มังกรละอองดาว มังกรปีศาจแดง มังกรกุหลาบดำ มังกรปีกดำ และมังกรนางฟ้าโบราณ ซึ่งทั้งหมดนี้มีเอกลักษณ์เฉพาะของผู้ลงนามตามลำดับ