Den City เป็นที่ตั้งของนักต่อสู้หลายพันคนที่มีส่วนร่วมในอาณาจักรเสมือนจริงของ Link Vrains ที่นี่ ผู้ใช้สามารถสร้างอวตารของตนเองและมีส่วนร่วมในเกม Duel Monsters ร่วมกันได้ อย่างไรก็ตาม โลกนี้กำลังถูกคุกคามโดยอัศวินผู้โด่งดังแห่งฮานอย และขึ้นอยู่กับนักเรียนมัธยมปลายชื่อ ยูซากุ ฟูจิกิ ที่จะต่อสู้กับพวกเขาอย่างลับๆ ในฐานะเพลย์เมกเกอร์
ในวันหนึ่งแห่งโชคชะตา ยูซากุสะดุดเข้ากับโปรแกรม AI แปลกๆ ที่เขาตั้งชื่อว่าไอ โปรแกรมนี้มีชื่อเสียงใน Link Vrains ในชื่อ Data Storm ซึ่งเป็นเอนทิตีดิจิทัลที่ทำลายทุกสิ่งที่ขวางหน้า ขณะที่ยูซูกุดวลกับฮานอย นักสู้ทั้งสองคนต่างเสี่ยงชีวิตเพื่อค้นหาความจริงเบื้องหลังเหตุการณ์ในอดีตของยูซากุ