aหลังจากไขปริศนาแห่งสหัสวรรษได้สำเร็จ ยูกิ มูโตะ เด็กหนุ่มจากอียิปต์โบราณก็ได้รับพลังแห่งความมืด เชื่อกันว่ามีเพียงผู้ที่สามารถประกอบปริศนาเท่านั้นจึงจะสามารถรับพลังนี้ได้ ด้วยสติปัญญาอันศักดิ์สิทธิ์ ยูกิสามารถค้นพบวิญญาณของฟาโรห์ที่อาศัยอยู่ภายในตัวต่อได้ ทั้งสองกลายเป็นหุ้นส่วนและพร้อมที่จะดวลกัน จากนั้น Yugi ได้รับการติดต่อจาก Maximillion Pegasus ผู้สร้าง Duel Monsters ซึ่งครอบครอง Millennium Eye ซึ่งช่วยให้ Yugi เข้าร่วมกองกำลังกับเพื่อนของเขา Katsuya Jonouchi, Hiroto Honda และ Anzu Mazaki เพื่อเข้าร่วมการแข่งขัน Duelist ที่จัดขึ้นใน Kingdom of Pegasus . เป้าหมายสูงสุดของยูกิคือการเอาชนะเพกาซัสและปลดปล่อยวิญญาณของปู่ของเขา