ภายใน Academy City ซึ่งแบ่งออกเป็นเขตต่างๆ และทำหน้าที่อย่างเป็นอิสระ สภานักเรียนจะทำหน้าที่ดูแลสถาบันการศึกษาทั้งหมดอย่างเต็มที่ อย่างไรก็ตาม การหายตัวไปของประธานสภานักเรียนทำให้ฝ่ายบริหารต้องหยุดชะงักและปกคลุมไปด้วยการขาดหายไปอย่างลึกลับ นอกจากนี้ ยังมีความท้าทายมากมายที่เกิดขึ้นใน Kivotos ซึ่งนำเสนอประเด็นต่างๆ มากมายที่ต้องเผชิญ
ในความพยายามที่จะยุติความผิดปกตินี้ สภานักเรียนจึงได้รับความช่วยเหลือจาก Federal Investigation Club หรือที่เรียกว่า "Scale" ซึ่งเป็นชมรมล่าสุดที่ได้รับการอนุมัติก่อนที่ประธานสภาจะหายตัวไป (นักเรียนจะต้องพกอาวุธส่วนตัวและสมาร์ทโฟน) เตรียมพร้อมที่จะดำดิ่งลงไปในการต่อสู้ ความโรแมนติก และความสนิทสนมกันที่ Academy City เตรียมไว้ให้!