โศกนาฏกรรมครั้งใหญ่เกิดขึ้น โดยคร่าชีวิตผู้คนหกคนในจังหวัดต่างๆ เจ้าหน้าที่บังคับใช้กฎหมายจากเขตอำนาจศาลหลายแห่งได้รวบรวมทรัพยากรของตนเพื่อสอบสวนอาชญากรรมดังกล่าว การเชิญโมริ โคโกโระเข้าร่วมการสืบสวนถือเป็นการกระทำที่ชาญฉลาด แต่ในระหว่างการประชุม โคนันสังเกตเห็นตำรวจคนหนึ่งเข้าใกล้รถปอร์เช่ 356A สีดำของหยิน มันคือจิน หนึ่งในชายชุดดำผู้โด่งดังที่เคยฉีดสารพิษ APTX 4869 อันตรายถึงชีวิตให้กับคูโดะ สารพิษทำให้เขากลายเป็นเด็ก และตั้งแต่นั้นมาเขาก็เป็นที่รู้จักในนามเอโดกาวะ โคนัน การฆาตกรรมต่อเนื่องนี้เกี่ยวข้องกับชายชุดดำหรือเปล่า? โคแนนได้รับมอบหมายให้เปิดเผยความจริงขณะแข่งขันกับการสืบสวนของอีกฝ่าย เขาก็จะค้นพบตัวตนของเขาเองในกระบวนการนี้ด้วย ด้วยอันตรายอันใหญ่หลวงที่กำลังจะเกิดขึ้น โคนันจึงตั้งใจที่จะคลี่คลายคดีและจับกุมผู้กระทำผิดก่อนที่จะสายเกินไป อย่างไรก็ตาม คำถามยังคงอยู่: กษัตริย์จะทรงปรากฏพระองค์ได้อย่างไร?

คุโดะ ชินิจิ นักเรียนมัธยมปลายวัย 17 ปีที่ได้รับการยกย่องให้เป็น "นักสืบผู้ยิ่งใหญ่แห่งปีของเฮเซ" กำลังแอบสังเกตชายชุดดำและการเจรจาลับๆ ของเขา ชายชุดดำอีกคนหนึ่งโจมตีโดยไม่รู้ตัว ส่งผลให้พวกเขาเกิดความหวาดกลัวและต่อมาได้รับพิษจากสารพิษที่คาดว่าผลิตโดยองค์กรของพวกเขา ผลก็คือ ชินิจิแปลงร่างเป็นเด็กอายุ 7 ขวบและรับเลี้ยงบุตรบุญธรรมในนามเอโดกาวะ โคนัน โดยได้รับความช่วยเหลือจากดร.อากาสะ ฮิโรชิ เป้าหมายของเขาคือการตรวจสอบตัวตนของชายชุดดำและนำยาแก้พิษกลับมา ชินอิจิเริ่มต้นอาศัยอยู่กับเพื่อนสมัยเด็ก โมริ รัน ที่สำนักงานนักสืบโมริ ซึ่งโคโกโระ โมริ พ่อของเธอทำงานเป็นนักสืบเอกชน ภารกิจของพวกเขา: เปิดเผยความจริงเกี่ยวกับชายชุดดำ