คุโดะ ชินิจิ นักเรียนมัธยมปลายอายุ 17 ปีและเป็นนักสืบ กำลังแอบสังเกตการเจรจาลับๆ ของชายชุดดำ ทำให้เขาได้รับฉายาว่า "นักสืบผู้ยิ่งใหญ่แห่งปีของเฮเซ" โดยที่เขาไม่รู้ มีชายชุดดำอีกคนหนึ่งโจมตีเขาจากด้านหลังระหว่างที่เขาสอดแนม ผู้กระทำผิดถูกจับและฉีดยาพิษโดยอ้างว่าผลิตโดยองค์กรของพวกเขา อย่างไรก็ตามพิษดังกล่าวทำให้ชินอิจิตัวเล็กลงจนกระทั่งเขากลายเป็นเด็กอายุ 7 ขวบ ด้วยความช่วยเหลือจากดร.อากาสะ ฮิโรชิ เขาเปลี่ยนชื่อเป็นเอโดกาวะ โคนัน และเริ่มสืบสวนชายในชุดดำเพื่อรับการรักษา เขาอาศัยอยู่ที่สำนักงานนักสืบโมริร่วมกับโมริ รัน เพื่อนสมัยเด็กและเป็นลูกสาวของนักสืบเอกชนโคโกโระ โมริ เพื่อติดตามการสืบสวนชายชุดดำ