โครงสร้างที่น่าทึ่งที่เรียกว่า 'Pacific Buy' ถูกสร้างขึ้นใต้น้ำในอ่าวเกาะ Hachijo ในโตเกียว จุดประสงค์คือเพื่อสร้างการเชื่อมต่อทั่วโลกระหว่างกล้องวงจรปิดของตำรวจ และวิศวกรจากหลายประเทศมารวมตัวกันที่นั่นเพื่อทำให้เครือข่ายนี้ซึ่งควบคุมโดย Europol เป็นจริง สถานที่ดังกล่าวยังทำหน้าที่เป็นพื้นที่ทดสอบเทคโนโลยีใหม่ๆ รวมถึงระบบจดจำใบหน้าด้วย ในขณะเดียวกัน กลุ่มนักสืบรุ่นเยาว์ได้รับคำเชิญจาก Sonoko ให้ไปเยี่ยมชมเกาะ Hachijo และชมความยิ่งใหญ่ของปลาวาฬ อย่างไรก็ตาม โคนันได้รับโทรศัพท์ที่น่าวิตกจากโอกิยะ สุบารุ (อากาอิ ชูอิจิ) โดยแจ้งให้ทราบว่าเจ้าหน้าที่ยุโรปถูกจินสังหารในเยอรมนี ด้วยความกลัวที่เลวร้ายที่สุด โคนันจึงแอบขึ้นเรือลาดตระเวนพร้อมกับคุโรดะ ฮโยเอและเพื่อนร่วมงานจากกรมตำรวจ มุ่งหน้าไปยังหน่วยรักษาความปลอดภัยของ 'แปซิฟิคบาย' เขาสามารถแทรกซึมเข้าไปในอาคารได้เพียงเพื่อจะพบว่าวิศวกรหญิงสาวคนหนึ่งถูกองค์กรลึกลับที่สวมชุดดำลักพาตัวไป เหตุการณ์นี้เกิดขึ้นในขณะที่อาคารกำลังเตรียมการนำระบบเฝ้าระวังไปใช้จริง นอกจากนี้ องค์กรยังได้รับ USB ที่มีข้อมูลสำคัญอีกด้วย ขณะที่ไฮบาระตั้งค่ายบนเกาะฮาชิโจ เธอก็สะดุ้งกับเสียงใบพัดเรือในทะเลที่ทำให้ไม่สงบ และต้องประหลาดใจกับร่างลึกลับที่ซุ่มซ่อนอยู่ในเงามืด เมื่อกล่องดำถูกเปิดโดยไม่ได้รับอนุญาต ความลับในอดีตก็ถูกเปิดเผย