คุโด้ ชินอิจิ ยอดนักสืบม.ปลายที่ได้รับขนานนามว่า 'เชอร์ล็อก โฮล์มส์แห่งยุคเฮเซ' วันหนึ่งขณะที่เขาไปเที่ยวสวนสนุกพร้อมเพื่อนสาว โมริ รัน เขาได้พบกับกลุ่มคนชุดดำที่น่าสงสัย ด้วยความไม่ระวังทำให้พวกมันจับได้และจับกรอกยาบางอย่างทำให้ตัวเขาหดเล็กลง เพื่อตามหาเบาะแสของพวกมัน ชินอิจิจึงต้องปิดบังตัวตนของตัวเองไว้และใช้ชื่อใหม่ว่า เอโดงาวะ โคนัน