หลังจากบรรลุ Digital World Peace ผ่านเด็กที่ถูกเลือกและดิจิมอนของพวกเขา สามปีผ่านไป ในปี พ.ศ. 2545 ดิจิมอนไคเซอร์ถือกำเนิดขึ้นและเริ่มขัดขวางโลกดิจิทัล ส่งผลให้เกิดความวุ่นวาย เพื่อเป็นการตอบสนอง โลกดิจิทัลจึงค้นหาเด็กที่ได้รับเลือกอีกครั้งเพื่อช่วยในการฟื้นฟูโลกให้กลับสู่สภาวะที่กลมกลืนเหมือนเช่นเดิม