ด้วยการประกาศว่า "ถ้าพระเจ้าสร้างโลกนี้ใน 6 วัน ฉันจะทำลายมันใน 60 นาทีและสร้างสวรรค์" ร่างลึกลับชื่อ S/Kamen Rider Eden ปรากฏตัวพร้อมกับผู้ติดตามจำนวนมากมาย ท่ามกลางการปรากฏตัวอย่างกะทันหันนี้ การโจมตีของผู้ก่อการร้ายขนาดใหญ่ได้สั่นสะเทือนไปทั่วโลกในหลาย ๆ สถานที่พร้อมกัน ความโกลาหลครอบงำเมื่อผู้คนล้มลงทีละคน ท่ามกลางฉากหลังนี้ Aruto Hiden, Isamu Fuwa, Yua Yaiba, Gai Amatsu, Jin และ Horobi ก้าวไปข้างหน้าเพื่อเผชิญหน้ากับ S อย่างไรก็ตาม พวกเขาพยายามดิ้นรนเพื่อเปิดเผยความจริงเบื้องหลังการแสดงพลังอันเหลือเชื่อของ S และสิ่งที่วิสัยทัศน์ของเขาเกี่ยวกับสวรรค์นั้นมอบให้อย่างแท้จริง