ในอดีตอันไกลโพ้น โลกถูกรุกรานโดยสิ่งมีชีวิตนอกโลกชื่อเคานา ซึ่งไม่สามารถสื่อสารกับมนุษย์ได้ เป็นผลให้มนุษยชาติถูกบังคับให้ย้ายไปยังดาวเคราะห์ดวงอื่นโดยใช้เรือเมล็ดพันธุ์เพื่อรักษาเผ่าพันธุ์ของพวกเขา ทานิคาเซะ นากาเตะ มนุษย์ที่เติบโตมาในห้องใต้ดินของเรือเมล็ดพันธุ์ "ซิโดเนีย" ได้กลายมาเป็นนักบินผู้ชำนาญของหุ่นรบโมริโตะโบราณ "สึคุโมริ" เขาได้ขับหุ่นโมริโตะในการต่อสู้กับกาวน่าเพื่อปกป้องมนุษยชาติที่เหลืออยู่ร่วมกับเพื่อนร่วมรบ