เรื่องราวในภาคนี้ เกิดขึ้นหลังจากจบการต่อสู้กับเฟทแล้ว (และเฟทก็ตายไปแล้วด้วย) และได้เริ่มต้นฟื้นฟูทั้งสองโลก ช่วงนั้นเองโรงเรียนมาโอระจัดพิธีสำเร็จการศึกษาของชั้นปีที่ 3 ระหว่างนั้น ผอ.ได้เรียกเนกิเข้าพบ และพูดอะไรบางอย่าง ซึ่งอาซากุระและสองฝาแฝดแห่งห้อง 3A ได้มายินเข้าและกระจายข่าวทั่วห้องจนวุ่นวาย ขณะที่สาวๆกำลังเครียดอยู่นั่นเอง โลกเวทมนตร์ก็ดันเคลื่อนที่เข้ามาใกล้โลกจริงเร็วกว่าที่คาดคิดไว้ เนกิและนักเรียนห้อง 3A ต้องร่วมมือกันเพื่อช่วยให้โลกทั้งสองรวมเป็นหนึ่ง