มาโกโตะ ยูกิยังคงอยู่กับทีมปฏิบัติการนอกหลักสูตรพิเศษ (SEES) ในขณะที่การเปลี่ยนจากฤดูใบไม้ผลิเป็นฤดูร้อนเกิดขึ้น ทีมยังคงต่อสู้กับเงาทั้งรองและหลักต่อไป แต่ขณะนี้พวกเขากำลังเผชิญหน้ากับศัตรูรายใหม่ที่เรียกว่าสเตรกา ผู้ใช้ Persona นอกรีตกลุ่มนี้มีเป้าหมายเพื่อรักษาความได้เปรียบของตนในช่วง Dark Hour เป็นที่สงสัยว่า Strega เก็บข้อมูลสำคัญเกี่ยวกับแก่นแท้ของ Dark Hour

ในช่วงปิดเทอมฤดูร้อนที่ยาคุชิมะ SEES จะมาพร้อมกับ Aegis หุ่นยนต์ที่ความจำเสื่อมซึ่งถูกสร้างขึ้นเพื่อปราบเงา แม้จะพิสูจน์ตัวเองแล้วว่าเป็นเพื่อนที่ทรงคุณค่า แต่ Aegis ก็ยังโน้มน้าวเข้าหา Makoto อย่างอธิบายไม่ได้และไม่เคยละทิ้งข้างเขา ขณะที่พวกเขาเจาะลึกเข้าไปในปริศนาแห่งชั่วโมงแห่งความมืด ความสับสนที่อยู่รอบการเชื่อมโยงที่ผูกมัดทั้งคู่ไว้ด้วยกันก็ค่อยๆ คลี่ออก