Phi Brain Kami no Puzzle ติดตามเรื่องราวของ Diamond Kaito นักเรียนมัธยมปลายที่มีความหลงใหลในเกมไขปริศนา ไคโตะและโนโนฮะ เพื่อนสมัยเด็กและเพื่อนร่วมชั้น บังเอิญไปพบกับเขาวงกตที่ไม่อาจแก้ไขได้ที่ซ่อนอยู่ในซากปรักหักพังใต้ดินของโรงเรียนของพวกเขา ภายในเขาวงกตนี้มี Orpheus Arm อยู่ ซึ่งเป็นรางวัลอันทรงคุณค่าที่จะได้มาจากการพิชิตเขาวงกตเท่านั้น ไคโตะไขปริศนาเขาวงกตได้สำเร็จ และได้รับรางวัลเป็นสร้อยข้อมือที่ทำเครื่องหมายว่าเขาเป็นสมองแห่งไฟ ผู้ได้รับเลือกซึ่งมีสิทธิ์ไขปริศนาปริศนาของพระเจ้า หรือที่รู้จักกันในชื่อปริศนาแห่งเทพเจ้า กิจกรรมนี้กลายเป็นจุดเริ่มต้นการเดินทางของ Kaito สู่สงครามไขปริศนากับ POG ซึ่งเป็นองค์กรที่ท้าทายและทดสอบทักษะของเขา