ความขัดแย้งกับดร.เอ้กแมนรุนแรงมากจนส่งผลให้ทั้งจักรวาลไม่มั่นคง โซนิคไม่มีทางเลือกนอกจากต้องเดินทางผ่านมิติคู่ขนานต่างๆ เพื่อกลับมารวมตัวกับสหายของเขาอีกครั้งและป้องกันภัยพิบัติระดับโลก