ระดับความรุนแรงในการปะทะกันของโซนิคกับดร.เอ้กแมนนั้นรุนแรงมากจนทำลายโครงสร้างจักรวาลโดยสิ้นเชิง โซนิคไม่มีทางเลือกอื่นนอกจากต้องผจญภัยในมิติคู่ขนานที่แตกต่างกันเพื่อรวมกลุ่มใหม่กับพันธมิตรของเขาและหลีกเลี่ยงภัยพิบัติทั่วโลก