Link Vrains เป็นพื้นที่เสมือนจริงภายใน Den City ที่ซึ่งนักต่อสู้หลายพันคนมารวมตัวกันเพื่อแข่งขันในเกม Duel Monsters พร้อมกับสวมอวตารที่ไม่ซ้ำใคร ความปลอดภัยของโลกนี้ถูกคุกคามโดยกลุ่มตัวละครลึกลับที่เรียกว่า Knights of Hanoi และขึ้นอยู่กับนักเรียนมัธยมปลายชื่อ Yusaku Fujiki ที่จะปกป้องมัน ยูซากุรับบทเป็นเพลย์เมกเกอร์ ต่อสู้กับเหล่าวายร้ายเพื่อปกป้องอาณาจักรดิจิทัล
ในวันหนึ่งแห่งโชคชะตา ยูซากุได้พบกับโปรแกรมปัญญาประดิษฐ์ที่ไม่ธรรมดาซึ่งเขาตั้งชื่อว่าไอ Ai เป็นผู้ทำลายล้างดิจิทัลภายใน Link Vrains ที่เรียกว่า Data Storm เหล่านักดวลเสี่ยงโชคเมื่อพวกเขาต่อสู้กับฮานอย โดยให้ยูซูกุสู้กับพวกเขา เพื่อเปิดเผยความจริงเบื้องหลังเหตุการณ์ที่ตามหลอกหลอนเขามายาวนาน