หลังจากเอาชนะสมาชิกแสงอุษาได้สำเร็จ นินจาหนุ่มแห่งโคโนฮะงาคุเระก็กลับบ้านเพื่อเฉลิมฉลอง อย่างไรก็ตามไม่ใช่ทุกคนจะมีความสุขเหมือนกัน นารูโตะ อุซึมากิ และ ซากุระ ฮารุโนะ รู้สึกแตกต่างออกไป นารูโตะอดไม่ได้ที่จะรู้สึกอิจฉาครอบครัวที่แสดงความยินดีกับเพื่อน ๆ ของเขา และอยากให้พ่อแม่ของเขามาร่วมแบ่งปันในชัยชนะของเขาด้วย ในขณะเดียวกัน ซากุระโกรธเคืองกับพ่อแม่ของเธอที่ทำให้เธออับอายต่อสาธารณะ และหวังว่าเธอจะไม่มีพ่อแม่เลย ทั้งสองโต้เถียงกันอย่างดุเดือดเกี่ยวกับความคิดเห็นที่ขัดแย้งกันของพวกเขา แต่ความขัดแย้งของพวกเขาไม่มีนัยสำคัญเมื่อพวกเขาเผชิญกับภัยคุกคามในทันที - การปรากฏตัวอย่างกะทันหันของมาดาระอุจิวะสวมหน้ากากซึ่งนำพาพวกเขาไปยังโลกที่แตกต่างไปจากเดิมอย่างสิ้นเชิง

พ่อแม่ของซากุระ, นารูโตะ, มินาโตะ นามิคาเซะ และโกคู ต่างก็ถือเป็นวีรบุรุษในโลกนี้ พวกเขาสละชีวิตอย่างกล้าหาญเพื่อปกป้องโคโนฮะงาคุเระจากการโจมตีของจิ้งจอกเก้าหางเมื่อสิบปีก่อน อย่างไรก็ตาม ชินะ อุซึมากิยังมีชีวิตอยู่และเจริญรุ่งเรือง ไม่สามารถกลับบ้านหรือตามหามาดาระได้ แต่เธอกลับพบว่าตัวเองอยู่ในโลกใหม่เพลิดเพลินกับการเปลี่ยนแปลงที่เธอต้องการมาโดยตลอด โดยสวมหน้ากากของนารูโตะและซากุระ ทุกอย่างดูเหมือนจะไปได้ด้วยดีสำหรับนินจาทั้งสอง จนกระทั่งภัยคุกคามที่ไม่คาดคิดเกิดขึ้น ทำให้พวกเขาต้องต่อสู้ไม่เพียงเพื่อโคโนฮะงาคุเระของพวกเขาเองเท่านั้น แต่ยังเพื่อโลกอื่นด้วย พวกเขาต้องหาทางกลับไปสู่โลกเดิมพร้อมกับปกป้องโลกทั้งสองจากศัตรูที่ไม่คาดคิดนี้